El Instituto Juan XXIII nació en 1964, por iniciativa del entonces Cura Párroco de dicha cuidad, Antonio Martínez quien fuera Representante Legal en los primeros 30 años de la institución. En el año 1963 el Padre Martínez propuso la creación de un colegio con orientación comercial y muchos integrantes de la comunidad apoyaron la idea porque consideraron un Instituto del que egresaran jóvenes con el título de peritos mercantiles.
El nombre del colegio también fue iniciativa del Padre Martínez, él lo propuso porque en un viaje a Europa había conocido personalmente al papa Juan XXIII.
En marzo de 1964 se inició el año escolar en un edificio que fuera entonces la antigua casa Parroquial.
Esta institución nació con la finalidad de cubrir las demandas laborales del sector comercial y empresarial, por lo tanto durante muchos años su identidad fue la de una escuela comercial con un perfil de egresado altamente capacitado gracias al sistema de pasantías laborales. Este sistema de pasantías permitió que los jóvenes puedan insertarse en el mercado laboral de manera inmediata ya sea luego de la pasantía o requeridos por diferentes empresas en el transcurso del año solicitando egresados que no pudieron trasladarse a otros centros de estudios.
Desde el año 1999, el Instituto es sede de las Olimpiadas de Matemáticas OMA y ÑANDU
Participa año tras año en las ACTJ (Actividades Científicas Tecnológicas Juveniles) como así también en la Olimpiadas de Economía.
Desde el año 2010 un nuevo proyecto Institucional “la EXPO LIBRO” permite trabajar de manera articulada entre nivel primario y secundario además de articular con otras escuelas, jardines y guarderías.
En el año 2011 se incorporaron las INTERTRIBUS. Las intertribus es una actividad que surge en el departamento de EDUCACION FISICA. Esta actividad inter-nivel, socializa y acerca a la familias a participar y compartir un día al aire libre